Capítulo 1: Los monstruos no hacen cosquillas: Comienza el curso y padres y familiares se despiden de sus hijos a las puertas del colegio donde pasarán el resto del año. Este año en el internado va a haber dos nuevos alumnos muy especiales, Marcos y Paula, que acaban de perder a sus padres, aunque la pequeña Paula, todavía no lo sabe. Los huérfanos tendrán en La Laguna Negra su nuevo y único hogar. Héctor, el director, será su tutor legal.

Capítulo 2: Todo el mundo tiene un secreto: Jacinta se entera de la verdad que oculta María y le pide que abandone para siempre el internado. Iván, Cayetano y Roque siguen haciendo de las suyas a Marcos, que harto de su actitud acaba enzarzándose en una pelea con sus compañeros. Victoria y Carolina están preocupadas por la extraña desaparición de Alfonso y deciden emprender sus propias investigaciones.

Capítulo 3: Ojos que no ven: Marcos descubre una entrada secreta en el armario de Alfonso que les conduce al desván. Allí los chicos hacen un macabro hallazgo; unos ojos conservados en formol. Además encontrarán información, fotos y viejos periódicos que les permitirán atar cabos y reafirmarse en su idea de que algo malo le ha pasado a su viejo profesor.

Capítulo 4: Un mensaje en una botella: Carolina se hace pasar por Alfonso y manda un correo electrónico a Ricardo Montoya, con el que queda en el cementerio. El periodista explica a los chicos la desaparición, en los años 70 de los cinco pequeños huérfanos y les advierte del enorme peligro que corren.

Capítulo 5: Un cadáver en La Laguna: Héctor descubre en la laguna el cadáver despedazado de Ricardo Montoya. Los chicos, tras recuperarse del shock inicial, se dan cuenta de que han perdido la única prueba que tenían de la muerte de los cinco huérfanos. Jacinta está deprimida. Como siempre, el cartero le trae de vuelta las cartas que envía a su hija Verónica. No conoce a sus nietos y ellos ni siquiera saben que su abuela está viva.

Capítulo 6: La noche de Santa Isabel:

La muerte de Cayetano ha despertado aún más el interés de los chicos por saber quién se esconde detrás de todos los extraños asesinatos cometidos en El Internado, sobre todo para Roque, fiel amigo del fallecido y supuestamente última persona con la que habló. Llega un nuevo profesor de matemáticas: Mateo y a su vez una nueva alumna un poco conflictiva. Ella es Julia.

Capítulo 1: ¿Con qué sueñan los peces?: En apenas unos días Héctor ha tenido que hacer frente a los momentos más duros de su vida: han encontrado el cadáver de uno de los chicos del internado y puede que pronto encuentren otro cuerpo, ya que uno de los muchachos sigue sin aparecer. Paula está muy impresionada con todo lo que está sucediendo. En pocos meses ha tenido que superar la muerte de sus padres y su traslado al internado.

Capítulo 2: Persiguiendo luciérnagas: Un nuevo profesor de matemáticas ha llegado a la Laguna Negra. Se trata de Mateo que no ha empezado con demasiado buen pie en el internado. Uno de los alumnos se ha ido para siempre pero, minutos antes de su muerte, quiso dejar una pista para que sus compañeros siguieran la búsqueda. En su teléfono móvil grabó la clave para comprenderlo todo.

Capítulo 3: El anillo: A Jacinta le han dado el alta y puede volver por fin al que considera su hogar. Sin embargo, le esperan muchas sorpresas en su vuelta al internado y no todas serán de su agrado. Héctor ha dimitido y Elsa, como nueva directora, ha decidido introducir algunos cambios. Julia, una nueva alumna, acaba de llegar a La Laguna Negra, pero no tiene la intención de quedarse encerrada ni un minuto más.

Capítulo 4: La caja de música: Ahora que Elsa y Héctor han asumido su futura paternidad, es hora de asegurarse de que todo marcha bien. De comprobarlo va a encargarse el Doctor Martín, hijo del ginecólogo que trajo al mundo a Elsa. Llega el puente y todos los niños del internado aprovecharán para marcharse con sus padres. Todos menos Paula, muy triste porque no tiene a quien visitar.

Capítulo 5: En orden alfabético: La hija de Jacinta ha fallecido en un accidente de tráfico pero no todos los ocupantes del coche murieron en ese trágico impacto. Miguel, su nieto, ha sobrevivido y la gobernanta es ahora su familiar más cercano. El pequeño tendrá que irse a La Laguna Negra, para vivir con una abuela a la que ni siquiera conoce. Julia descubre que fue Victoria la que robó el examen.

Capítulo 6: Ver para creer: Iván averigua, a través de una carta de su prima, toda la verdad sobre su pasado, todo lo que sus padres quisieron siempre ocultarle. También Carol ha recibido malas noticias, su madre ha sido ingresada de urgencia en el hospital. Las investigaciones de los chicos empiezan a dar sus frutos. Publicaron un anuncio para seguir la pista de las niñas desaparecidas.

Capítulo 7: Mi amigo el monstruo: Evelyn está enfadada con Paula. Su amiga se ha empeñado en decir que el gnomo es bueno pero ella cuando le ha visto se ha asustado mucho. Los chicos ven en el periódico que la jueza Saavedra no se ha presentado a un juicio muy importante que tenía que oficiar. Ha desaparecido para siempre, como las pruebas que guardaban en el desván.

Capítulo 8: El polo norte: Los chicos han decidido abandonar la investigación. Han pasado demasiadas cosas: primero la desaparición de los cinco huérfanos, luego la muerte de Cayetano y la jueza y, ahora, la madre de Carol también puede estar en peligro. Paula está muy triste. Su amigo el “gnomo” ya no cuidará nunca más de ella y además Héctor, en el que tanto confiaba, es el culpable de esa situación.

Iván mató al contacto de Fermín cuando este apuntaba a María con una pistola. La limpiadora se deshizo del cadáver. El jefe de Fermín piensa que les ha traicionado llevándose el tríptico de la Epifanía y ha mandado a Nora al internado, como profesora de historia, para vigilarle.

Capítulo 1: El búho: Hace semanas que nadie sabe nada de Fermín. Su “jefe” está seguro de que el cocinero les ha traicionado y ha huido con la obra del Bosco que encontró, pero ahora lo primero antes de planear su posible venganza es buscarle un sustituto en El Internado. Los chicos creían haber averiguado toda la verdad sobre quien atacó a Marcos en los pasadizos.

Capítulo 2: 8 milímetros: Los chicos descubren que el lienzo que encontraron en los pasadizos, dentro de la mochila, es el Tríptico de la Epifanía del Bosco, una obra de enorme valor tanto histórico como económico. Iván necesita respuestas.

Capítulo 3: El soldadito de plomo: Fermín ha vuelto a recibir noticias de su contacto. Le ha citado a las 14:00 y lo ha hecho utilizando como “correo” a María, a la que entregó un regalo para Fermín. Mientras Marcos trata de encontrar sentido a lo que están descubriendo e intenta comprender porqué su abuelo operaba a antiguas alumnas del internado.

Capítulo 4: En el fondo del mar: Irene Espí está decidida a escapar. Primero su bebé se ha quedado sin respiración y ahora Camilo se lo ha llevado sin darle ninguna explicación y todavía no lo ha traído de vuelta. Victoria no tiene más remedio que contarle a sus compañeros todo lo que sabe de Cristina Palacios; que también fue estudiante del internado, que hace tres años que desapareció.

Capítulo 5: La vida es sueño: Paula está asustada, tiene vagos recuerdos de lo que le han hecho durante la noche. Recuerda al cirujano y a la enfermera, puede ver en su mente las jeringuillas, pero todo el mundo trata de convencerla de que sólo ha sido una pesadilla. Jacinta necesita dinero y no le va a quedar más remedio que comerse su orgullo y acudir a Don Joaquín.

Capítulo 6: La peor cárcel del mundo: Los chicos sospechan que Mateo es el cerebro de todo lo que está pasando en el colegio y deciden registrar su habitación pero el profesor regresa inesperadamente y les sorprende. Pero el pasado vuelve para todos. María se ha enterado de que Noiret sabe que ella es la verdadera madre de Iván.

Capítulo 7: El fantasma de la profesora decapitada: Cuando María va a contarle a Iván que Fermín quemó el cuadro del Bosco, Iván le da a ella otra noticia todavía más impactante: su padre ha prometido presentarle a su verdadera madre. María se debate entre lo que siente por Fermín y lo que le dice su cabeza: que se aleje del cocinero. Algo similar les pasa a Amelia y Marcos; saben que no deben estar juntos pero no pueden evitarlo.

Capítulo 8: Los cinco vengadores: Mientras realizan una actividad para la clase de deporte, Iván, Marcos, Vicky, Carol y Roque encuentran en el bosque unos viejos columpios de la época del orfanato. Entre los hierros oxidados descubrirán algo escondido, lo que parece ser el último legado de Samuel Espí.

Capítulo 9: La noche del fuego: Fermín trata de encontrar a toda costa algún medicamento que contrarreste el veneno que le inyectó su contacto. Un amigo le confirma por teléfono lo que ya sospechaba, no hay antídoto. Julia trata de convencer a sus compañeros de que puede ver a Cayetano contándoles detalles que sólo su amigo podría saber. Y es que esta noche se celebra “La Noche de las Fogatas”

Fermín está ansioso por descubrir quién fue el asesino de su padre, ya que sabe que está en el internado. A lo largo de la temporada se da cuenta de que su padre mató a tres de los fundadores del Proyecto Géminis. Al internado llegan, por un lado, Martín y su hijo Lucas, que están huyendo ya que Martín se escapó con su hijo a espaldas de su mujer Silvana Yerena.

Capítulo 1: La maldición: Martín y Lucas ya están acostumbrados a vivir escapando aunque esta vez la Guardia Civil ha estado a punto de pillarles poco antes de llegar a su destino: el internado. Fermín lleva días buscando al bebé de Irene Espí. Su madre lo depositó en el río, encima de un tronco, para alejarle del peligro de sus perseguidores pero parece que esa solución de emergencia ha sido la condena del pequeño.

Capítulo 2: La sala del tesoro: Marcos va a pasar uno de los momentos más duros de su vida: reconocer a sus padres en el depósito de cadáveres o, más bien, lo que queda de ellos tras meses de descomposición en el agua. Lucas y Martín descubren por casualidad la puerta secreta que comunica el armario de su habitación con el desván. Allí arriba parece no haber más que trastos viejos: muebles rotos, un antiguo proyector…

Capítulo 3: El secreto mejor guardado: Y casualmente a la vez que Toni ha llegado, Noiret que le entrega a Iván los papeles necesarios para no perder definitivamente su patria potestad, sin saber que su hijo sospecha que fue él quien mató a Cayetano. El mensaje que recibió Marcos en el móvil lo decía bien claro: “no vuelvas a llamar o estamos muertos”.

Capítulo 4: Premonición: Bordado en uno de sus viejos pantalones, Lucas encuentra el número de teléfono de su madre, que se lo cosía en la ropa por si se perdía. Lucas se muere de ganas por llamar a su madre pero no lo hace, pues su padre se lo tiene prohibido. Héctor ha pasado la noche en vela junto a Marcos, que se recupera de su intento de suicidio en la habitación de un hospital.

Capítulo 5: El exorcismo: Paula y Lucas están muy preocupados por Evelyn. Durante la noche se ha levantado y se ha puesto a merodear por los pasillos del colegio. Marcos ve una y otra vez las imágenes grabadas en el USB que le dio la psicóloga, en las que su madre recuerda fragmentos de su infancia, aquellos años en los que todavía se llamaba Irene Espí y vivía en un orfanato.

Capítulo 6: Escrito en las estrellas: La guardia civil llega al internado para averiguar la relación entre Pedro y el cadáver que llevaba en el maletero. Los indicios son manipulados para que parezca que Pedro le envenenó. Lucas vuelve a tener la pesadilla en la que ve a su padre apuñalando a alguien con un destornillador de mango amarillo. Julia ignora por qué su padre sale en el vídeo de las regresiones de Irene Espí.

Capítulo 7: Un gran soldado: Para demostrar a sus amigos que él sí confía en su padre, Iván decide firmar los papeles de la patria potestad. Sin embargo, pronto se da cuenta de su error, ya que mientras su padre guarda los papeles en el maletín, Iván llega a ver en su interior una carpeta con el símbolo de géminis. Héctor necesita urgentemente dinero en efectivo y llama a la joyería para vender otro de los diamantes.

Capítulo 8: La llave: Carolina está convencida de que Amelia esconde algo y más después de comprobar la complicidad que tiene con Noiret. Pero Marcos cree que las suspicacias de Carol se deben a una simple cuestión de celos. Aunque Toni sigue chantajeando a Noiret, ha descubierto que Fermín también tiene trapos sucios que esconder, algo relacionado con el robo de cuadros y otras obras de arte.

Capítulo 9: El unicornio: Lucas por fin le confiesa a su padre lo que le atormenta por las noches: en uno de sus sueños premonitorios puede verle a él matando a alguien con un destornillador. Julia está segura de que la llave que encontraron en la habitación de Lucas servirá para abrir la caja fuerte de su padre.

Capítulo 10: Un punto en el mar: El Internado se prepara para “La Fiesta de las Dos Lunas”, que se celebra esa noche. Iván y Julia parecen en su momento más dulce como pareja cuando reaparece, sin previo aviso, el padrastro y antiguo amante de Julia, que vuelve con la firme intención de retomar su relación. Jacinta encuentra a Héctor tirado en el suelo de su habitación.

Capítulo 11: La noche de las dos lunas: Se celebra “La Noche de las Dos Lunas”, en la que, en conmemoración de una vieja leyenda, las chicas deben adornar su vestido con una rosa blanca al llegar la medianoche. Lucas está aterrado, pues en su horrible sueño premonitorio sale una rosa blanca en la escena del crimen. Julia descubre horrorizada que su padrastro ha vuelto a por el contenido que ella consiguió sacar de la caja de seguridad.

Rebeca, como nueva profesora de historia; Lucía, como médico del internado y Hugo, como nuevo profesor de educación física son los nuevos personajes de esta nueva temporada. Rebeca sentirá una atracción hacia Martín, que se ve perturbada ya que ella ve el lado más oscuro de alguien con solo tocarle, y vio como mataba a don Joaquín.

Capítulo 1: El cuaderno del Doctor Wulf: Rebeca será la nueva profesora de historia del colegio. Ha llegado para encargarse de las clases de Elsa por baja maternal. Sin embargo, parece que la nueva maestra no tendrá un buen comienzo. Marcos ha mandado una nota a sus amigos para citarles en el bosque. Al menos eso es lo que ellos creen aunque, en realidad, Marcos está muy lejos de allí.

Capítulo 2: Amnesia: Hugo, el nuevo profesor de Educación Física, llega al internado para echar una mano a su amigo Héctor. Además, Amelia le revelará a Héctor que existe un tratamiento experimental para su enfermedad, que resulta ser la misma que tiene su hermano. Los chicos recopilan pruebas y buscan un buen escondite para guardarlas hasta que acabe el curso y puedan dárselas a la policía.

Capítulo 3: El hombre del saco: Marcos descubre en su móvil tres llamadas perdidas de su padre pero, cuando intenta devolver la llamada, el resultado no es el esperado. Julia parece tener una extraña pesadilla, pero pronto comprueba que se trata de algo muy real… pero algo que sólo ella puede ver.

Capítulo 4: La novia cadáver: Paula descubre en el baño el cadáver de Susana, ahorcada, colgando del techo. Una tormenta provoca un socavón en la carretera que da acceso al Internado, por lo que el juez no puede llegar al internado para levantar el cadáver, que debe permanecer oculto en el baño. Marcos e Iván vuelven a los pasadizos para averiguar quién hay dentro del ataúd que vieron en los laboratorios subterráneos.

Capítulo 5: La promesa: Todo el colegio guarda un minuto de silencio por la muerte de Susana en presencia de la tía de la joven. Los chicos, convencidos de que la muerte de Susana y la del sobrino del guardabosques están relacionadas, aprovechan la oportunidad y utilizan el libro de condolencias para mandar un mensaje a la familia: “Susana no se suicidó. Tenemos pruebas. A las 12 en la ermita.”

Capítulo 6: El vampiro: Jacinta y Héctor están conmocionados por la grabación que han visto, en la que Noiret habla del Proyecto Géminis. La policía investiga el accidente en el que supuestamente se ahogó el pequeño Samuel, interrogando a todos los que estuvieron por la laguna aquel día.

Capítulo 7: El rey de la baraja: Vicky continúa atrapada en los pasadizos, su vida corre un serio peligro. Lo peor es que sus compañeros no hacen nada por buscarla, ya que piensan que su amiga está con Nacho Héctor confiesa a Jacinta lo que ha descubierto: Lucía, la nueva doctora, es la cuarta huérfana, una de las cuatro niñas a las que tatuaron el símbolo de géminis y que luego dieron en adopción de forma irregular.

Capítulo 8: Paula en el país de las maravillas: Elsa trata de ocultar un moratón de su cara con unas grandes gafas de sol. El resto de profesores no tardan en sospechar que Noiret ha vuelto a las andadas y ha pegado a la directora. Carol y Vicky no paran de darle vueltas a las últimas palabras que dijo Nacho antes de morir: “Uno de vosotros es un traidor”.

Capítulo 9: El último día: Los chicos registran la habitación de Héctor tratando de entender qué relación tiene exactamente el ex director con todo lo que está sucediendo en el colegio, después de haberle sorprendido y golpeado en los pasadizos. En la habitación descubren una cinta de vídeo donde Héctor ha grabado un improvisado testamento.